Xác định đột biến gen egfr bằng giải trình tự chuỗi dna trên khối parafin

Website CLBV.VN và các nền tảng trong hệ sinh thái QuanTriBenhVien.Vn được xây dựng bởi các thành viên có kinh nghiệm tại các bệnh viện, công ty. Web không có liên quan tới bất kỳ Vụ, Cục nào của BYT hay SYT --> chi tiết

Nội dung bạn cần không thấy trên website, có thể do bạn chưa đăng nhập hoặc tài khoản đã hết hạn. Nếu là thành viên của website, bạn cũng có thể yêu cầu trong nhóm Zalo "CLBV Members" các nội dung bạn quan tâm.

Kính gửi Anh/Chị/Em đồng nghiệp,

Trong thời gian qua, CLBV nhận được sự ủng hộ rất lớn từ cộng đồng. Website đã nằm trong nhóm đầu kết quả tìm kiếm với nhiều từ khóa liên quan đến Quản lý chất lượng (QLCL) và An toàn người bệnh (ATNB) trong lĩnh vực y tế.

Tuy nhiên, khi lượng truy cập ngày càng tăng, Công ty M.I.U nhận thấy một số vấn đề cần được điều chỉnh để đảm bảo phù hợp với đặc thù chuyên môn:

1. Nội dung QLCL & ATNB có tính chuyên ngành cao

Nhiều nội dung mang tính học tập từ sự cố, cải tiến sau sai sót.
Nếu tiếp cận ngoài bối cảnh chuyên môn, có thể bị hiểu chưa đầy đủ hoặc sai lệch.

2. Một số tài liệu quản trị cần được sử dụng đúng đối tượng

Dù là văn bản công khai, việc áp dụng hiệu quả đòi hỏi hiểu đúng bối cảnh ngành.
Phù hợp hơn khi chia sẻ trong cộng đồng những người trực tiếp làm công tác y tế.

3. Hạn chế nguy cơ nhầm lẫn về nhận diện

Tên miền clbv.vn có thể gây hiểu nhầm với các hệ thống chính thức của Bộ Y tế.
Việc làm rõ và chuẩn hóa nhận diện là cần thiết.

Công ty M.I.U quyết định nâng cấp hệ thống phục vụ đúng đối tượng chuyên môn

Để đảm bảo chất lượng nội dung và phục vụ tốt hơn cho cộng đồng, chúng tôi thực hiện các điều chỉnh:

Giới hạn truy cập nội dung: Website dành cho thành viên đã đăng ký, là các đồng nghiệp đang công tác trong lĩnh vực y tế.
Chuyển đổi nhận diện sang tên miền mới: QLCL.NET để đồng bộ thương hiệu với các trang trong hệ sinh thái QuanTriBenhVien.Vn như KHTH.VN; CNTT.IT; KSNK.VN; VTTB.VN; HCQT.VN ... hướng đến chia sẻ kiến thức quản trị hiện đại, liên ngành trong bệnh viện không chỉ giới hạn ở QLCL & ATNB.

Chúng tôi tin rằng đây là bước điều chỉnh cần thiết nhằm:

Bảo vệ giá trị chuyên môn của nội dung.
Đảm bảo thông tin được sử dụng đúng đối tượng, đúng bối cảnh.
Xây dựng cộng đồng chia sẻ chất lượng, hiệu quả.

Rất mong tiếp tục nhận được sự đồng hành của Anh/Chị/Em đồng nghiệp.

Công ty M.I.U

1. NGUYÊN LÝ

Sử dụng máy giải trình tự gen để xác định các đột biến gen.

2. CHUẨN BỊ

2.1. Người thực hiện

- Bác sĩ giải phẫu bệnh - tế bào bệnh học.
- Kỹ thuật viên giải phẫu bệnh - tế bào bệnh học.
- Cử nhân sinh học (không bắt buộc).

2.2. Phương tiện, hóa chất

2.2.1. Phương tiện

+ Máy giải trình tự ABI 3130
+ Máy PCR
+ Máy điện di
+ Máy ly tâm lạnh
+ Lò vi sóng
+ Máy soi gel và chụp ảnh tự động
+ Máy cắt lát mỏng
+ Lưỡi dao cắt lát mỏng
+ Tủ ấm 370 và 560
+ Tủ lạnh sâu
+ Ống hút

2.2.2. Hóa chất

+ Các hóa chất để thực hiện PCR
+ Hóa chất để điện di sản phẩm
+ Hóa chất tinh sạch sản phẩm PCR
+ Hóa chất để đọc giải trình tự gen
+ Dung dịch đệm lysis
+ Dung dịch K
+ Dung dịch phenol
+ Dung dịch clorofom
+ Etanol
+ Dung dịch acetat
+ dung dịch hòa tan DNA
+ Xylen
+ Dung dịch rửa

3. CÁC BƯỚC TIẾN HÀNH

- Các khối parafin chứa bệnh phẩm được cắt lát mỏng và dán lên phiến kính
- Vùng mô ung thư được đánh dấu trên phiến kính
- Cạo mô ung thư vào ống ly tâm 1,5 ml
- Cho xylen vào ống ly tâm 2 lần để khử parafin
- Rửa lại bằng etanol và để khô trước khi ủ với proteinaza K ở 48oC trong 16 giờ
- Tinh sạch sản phẩm DNA
- Kết tủa DNA bằng etanol tuyệt đối
- Tách DNA bằng kit KAPA
- Khuyếch đại exon bằng PCR Master Mix của KAPA
- Chạy điện di trên thạch Agarose 1%
- Tinh sạch sản phẩm PCR bằng nitrogen kit
- PCR sản phẩm đã tinh sạch với BigDye kit
- Tinh sạch sản phẩm BigDye bằng Zymmo kit
- Giải trình tự gen bằng máy ABI 3130
- Phân tích kết quả giải trình tự bằng phần mềm có sẵn

4. ĐỌC KẾT QUẢ

Kết quả được phân tích bằng phần mềm tương thích. Kết quả được đối chiếu với trình tự nucleotit trên DNA bình thường trong hệ thống dữ liệu ngân hàng gen để xác định chính xác nucleotit đột biến.

5. MỘT SỐ VẤN ĐỀ THƯỜNG GẶP, NGUYÊN NHÂN, CÁCH KHẮC PHỤC

- Không có đỉnh hoặc đỉnh hiển thị ở mức độ yếu:
+ Do không cho khuôn DNA hoặc khuôn cho vào ở dưới nồng độ cần thiết.
+ Không bổ sung mồi vào phản ứng khi GTT.
+ Mồi không tương tác hiệu quả với khuôn sử dụng: nếu GTT từ một plasmid nhân dòng:
Cần đảm bảo plasmid được tinh sạch hoàn toàn.
Cần xem lại trình tự mồi thiết kế nhằm bắt cặp đặc hiệu với khuôn. Plasmid nhân dòng có thể bị đứt gãy hoặc đoạn nhân dòng chỉ được chèn một phần vào plasmid, nên không có vị trí cho mồi bám vào.
Khuôn sử dụng cho GTT điện di thu được băng đúng kích thước quan tâm, nhưng thực chất là khuyếch đại một đoạn trình tự khác hoàn toàn với trình tự quan tâm (Ví dụ: một số gen có trình tự trùng khớp nhau một vài phần nhất định).
- Xuất hiện nhiễu: Do quá trình tinh sạch không loại bỏ hoàn toàn cồn hoặc sản phẩm PCR không đặc hiệu, do DNA bị thoái hóa bởi các chất ức chế nhiễm vào mẫu trong quá trình GTT như muối, phenol, EDTA…
- Đoạn đầu bị nhiễu, sau đó GTT được đoạn sau, nhưng tín hiệu thấp: có thể do mồi tự bắt cặp hoặc có sự tham gia của một mồi khác khi thao tác. Cần thiết kế lại mồi để loại bỏ trường hợp tự ghép cặp, đồng thời, tinh sạch sản phẩm PCR để loại bỏ hoàn toàn các chất cũng như mồi khác không cần thiết.
- Nhiều đỉnh chồng lên nhau: do mồi có nhiều vị trí bắt cặp, tinh sạch kém hoặc mẫu bị lẫn các DNA khác. Cần sử dụng mồi khác, đảm bảo loại bỏ hoàn toàn mồi và dNTPs. Nếu đoạn GTT được đưa vào plasmid nhân dòng, cần đảm bảo kiểm tra được khuẩn lạc duy nhất.
- Xuất hiện các đỉnh lạ sau GTT: trong mao quản có bong bóng chưa được loại bỏ hoàn toàn, mẫu bị nhiễm một thành phần nào đó, POP sử dụng trong GTT bị thoái hóa, hỏng.